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在特種醫學學科下設6個研究方向：1. 航空與航天醫學；2. 航海與潛水醫學；3. 放射與輻射醫學；4. 運動醫學；5. 職業病學；6. 法醫學。
1. 航空與航天醫學
航空與航天醫學是研究在航空、航天特殊環境下人體所出現的各種醫學問題的一門交叉邊緣學科。其主要任務是為發展我國航空、航天事業提供相關的醫學和（或）生命科學方面的理論和技術保障；培養高素質航空、航天醫學事業的專業技術人才；研究航空、航天對人體健康的影響機制，以及相應疾患的預防、診斷和治療，并提出防護措施，以保障作業人員與乘員在健康、安全、舒適的環境下工作。
航空與航天醫學學科主要研究方向有航空航天生理學、航空航天生物動力學、航空航天心理學、航空航天工效學、航空航天臨床醫學、航空航天衛生學、航空航天醫學工程等。
2. 航海與潛水醫學
航海醫學是研究航海條件下人體各種醫學問題的學科，它是醫學科學與航海科學相互融合的一門學科，是醫學科學在航海條件下的具體應用。航海醫學就是研究航海條件下，引起航海從業人員的生理、心理反應和病理變化，以及相關疾病的發生、發展規律、診斷和防護以及治療措施的學科。
潛水醫學主要研究和解決潛水作業過程中人體的各種醫學問題，主要研究人體在水下和高壓環境中以及潛水作業時的生理反應和病理變化，潛水疾病的防治，潛水作業中的衛生學要求和醫學保健技術措施，潛水器具和裝備的研制以及醫學生理學的鑒定等的評價。
航海與潛水醫學學科主要研究方向有航海衛生學、航海流行病學、航海心理學、潛水生理學與醫學、潛艇醫學、高壓生理學與醫學等。
3. 放射與輻射醫學
放射與輻射醫學是一門醫學綜合學科，與核物理、輻射化學、臨床醫學等緊密相關。主要研究電離輻射生物效應及機制，輻射對人體損傷的病理機制、診治及防護。包括人體在接觸放射與輻射源或接受醫療照射治療過程中對職業照射人員和患者等的防護，放射與輻射裝置包括發電用壓水反應堆的安全與防護，輻射監測、放射性廢物的安全管理，職業照射人員的健康管理，核武器襲擊的防護等。
隨著我國核能事業的發展，特別是核能由國防重點轉向和平利用，射線和輻照技術得到廣泛應用。從分子、細胞和整體水平研究輻射效應，闡明危害機理，提出有效防護措施是當前放射與輻射醫學學科發展的主要內容。
放射與輻射醫學學科主要研究方向有放射生物學、生物物理學、輻射血液學、輻射免疫學、輻射遺傳學、放射毒理學、輻射劑量學、放射流行病學、放射病臨床醫學、放射治療學、輻射防護藥和增敏藥的藥物藥理學等。
4. 運動醫學
運動醫學主要是研究運動和缺乏運動給人體帶來的生理學、病理學問題以及與競技運動有關的醫學問題。從醫學角度闡明體力活動及靜態生活方式對健康的影響以及在各種慢性疾病病因學中的作用，為一些常見疾病的預防、治療和康復研究提供醫學手段，以達到增強體質、促進健康的目的。同時，運用醫學知識和技術對競技運動參加者進行醫學監督和指導，防治運動傷病，保障運動參加者的健康，增強體質和提高運動成績。
運動醫學學科的主要研究方向有運動醫務監督、運動損傷、運動營養學、醫療體育、運動康復及運動傷病的體育防治等。
5. 職業病學
職業病學是研究特殊勞動環境對職業人群健康的影響和如何改善勞動條件的一門特殊學科。主要研究企業、事業單位和個體經濟組織內的職業人群在職業活動中，因接觸粉塵、放射性物質和其他有毒、有害物質等因素而引起的疾病。其主要任務是識別、評價、預測和控制特殊勞動條件對職業人群健康的影響。
職業病學學科主要研究方向有粉塵與塵肺、物理因素引起的職業病、生物因素引起的職業病、職業中毒、職業性放射性疾病、職業性腫瘤、職業性皮膚病等。
6. 法醫學
法醫學是應用醫學及其他自然科學的理論與方法，研究并解決立法、偵查、審判實踐中涉及的醫學問題的一門科學。法醫學是一門聯結醫學與法學的應用交叉醫學學科，兼具自然科學和社會科學的雙重屬性。
法醫學為制定法律提供科學依據，為偵查、審判提供客觀的實驗證據。法醫學分為基礎法醫學和應用法醫學兩部分，前者研究法醫學的基本原理、基礎理論與技術，后者是運用法醫學的理論和方法，解決司法、立法和行政管理上的有關問題，包括受理諸如傷害、死亡、交通事故、親子鑒定等案件的醫學鑒定、醫療糾紛等與法律有關的醫學問題，以及臟器移植、現代生殖技術所涉及的法律和社會問題。另外，通過對非正常死亡的尸體檢驗，有助于發現傳染病等疾病、明確中毒和災害事故的原因，實施有效的防治及行政處理。
法醫學學科主要研究方向有法醫倫理學、法醫病理學、臨床法醫學、法醫物證學、法醫血清學、法醫人類學、法醫牙科學、法醫化學、法醫放射學、法醫毒物學、法醫精神病學、法醫昆蟲學、醫學法學等。

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