新疆醫科大學基礎醫學院前身為新疆醫學院基礎醫學部，成立于1984年，1998年新疆醫學院和新疆中醫學院合并成立新疆醫科大學后，于1999年11月更名為新疆醫科大學基礎醫學院。歷經幾十年的建設，為大學培養各級各類醫學專門人才做出了突出的貢獻。2016年基礎醫學學科獲自治區“十三五”重點學科。病原生物學學科獲自治區二級重點學科。學院擁有1個國家級基礎醫學實驗教學示范中心、2個省部共建重點實驗室、2個自治區重點實驗室等；現有國家“千人計劃”青年項目入選者2名，國家教學名師1名，自治區教學名師6名。
學院于2018年獲基礎醫學一級學科博士學位授權點，并有基礎醫學（病理與病理生理學、病原生物學、免疫學、人體解剖學與組織胚胎學、法醫學5個二級學科碩士點）和生物學（生理學、生物化學與分子生物學和遺傳學3個二級學科碩士點）兩個一級學科碩士學位授權點。設置有病理學、病理生理學、人體解剖學、組織胚胎學、微生物學、寄生蟲學、生物化學與分子生物學、生理學、細胞生物學、免疫學、法醫學等11個教研室和形態、機能兩個基礎醫學實驗教學中心。學院現有專任教師127名（截至2018年6月），其中副教授以上教師80人（62.99%），45歲以下青年教師98人（77.17%），具有碩士及以上學位教師115人（90.55%）。
學院擁有教育部第二期來華留學英文授課品牌課程1門，自治區精品課程4門，校級精品資源共享課程5門，校級精品視頻公開課5門。學院教學實驗室總面積10300平方米，儀器設備4610臺（套），教學設備總值6184.6萬元。
   近五年，學院承擔國家及省部級科研項目196項，總經費達5716.76萬元。共發表各類科研論文600余篇，其中SCI 收錄215篇。獲得專利5項，自治區科技成果獎18項。學院與北京大學、吉林大學、中南大學等對口援疆高校建立了密切的合作關系，并聯合培養青年教師和博士研究生。
學院承擔學校本科24個專業33門醫學專業基礎課程和2門專業選修課，還承擔國際教育學院、繼續教育學院和臨床醫學院的教學工作，是我校醫學教育教學計劃實施的重要執行單位。