《控制科學與工程》（學術型、一級學科）碩士學位授權點的前身是計算機科學學院的《系統理論》（學術型、二級學科）碩士學位授權點：《系統理論》于2007年開始招生，直至2016年連續招收了10屆研究生；2015年12月，經廣東省學位委員會審議、國務院學位委員會批準，《系統理論》調整為《控制科學與工程》，并獲批為2016年廣東省優勢重點學科。目前，《控制科學與工程》碩士學位授權點由計算機科學學院聯合自動化學院和數學與系統科學學院共同建設，建有1個國家級和1個省級工程實踐教育中心、1個省級實驗教學示范中心、2個省級聯合培養研究生基地，擁有“廣州市數字內容處理及其安全性重點實驗室”、廣東省普通高校國際暨港澳臺合作“深度學習與壓縮感知數據處理平臺”、“廣東省民族發展大數據工程技術研究中心”等平臺，擁有一支德才兼備、科研實力突出、科研成果豐富、愛崗敬業的指導教師隊伍。
本學科致力于培養德智體全面發展、具有高水平綜合素質、適應我國尤其是廣東地區經濟建設和社會發展需要的控制科學與工程領域的高級專門人才。本學科下設“系統工程”、“控制理論與控制工程”、“應用數學與系統建模”、“模式識別與智能系統”、“計算機技術與控制”、“檢測技術與自動化裝置”六個二級學科方向，具體如下：
1.系統工程
主要研究方向包括：1）系統科學基礎理論研究，2）系統工程方法的應用研究，3）系統科學原理體系研究，4）大系統、廣義系統穩定性的研究，5）復雜系統的理論與應用。
2.控制理論與控制工程
主要研究方向包括：1）控制理論及應用，2）智能信息處理與控制系統，3）分布參數控制，4）復雜系統辨識，5）故障診斷與容錯控制。
3.系統建模與應用數學
主要研究方向包括：1）復雜網絡系統動態規劃中的圖論研究，2）建模與仿真中的代數理論研究，3）偏微分數學模型的定性研究，4）數值優化理論與算法。
4.模式識別與智能系統
主要研究方向包括：1）機器學習和數據挖掘的理論與算法，2）大數據及智能信息系統，3）智能圖形圖像處理及應用，4）智能計算與系統。
5.計算機技術與控制
主要研究方向包括：1）數字內容安全技術，2）數據訪問控制技術，3）物聯網應用技術，4）計算機應用技術。
6.檢測技術與自動化裝置
主要研究方向包括：1）機器人運動控制，2）測控系統通信與網絡， 3）檢測技術，4）智能儀器儀表，5）數控技術及數字化裝備。