新疆大學于20世紀60年代正式組建馬列主義教研部，90年代更名為社科部。2006年1月社科部與政治、公共管理等相關專業系合并，成立政治與公共管理學院。2011年獨立設置馬克思主義學院。
目前，學院在編教職工63人，專任教師57人，兼任教師18名。現設有6個教研室：馬克思主義基本原理教研室、思想道德修養與法律基礎教研室、新疆歷史與民族理論政策教程教研室、中國近現代史綱要教研室、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論教研室、形勢與政策教研室。設有馬克思主義理論一級學科博士點，博士后流動站，馬克思主義理論、哲學一級學科碩士點2個，馬克思主義民族理論與政策二級學科碩士點1個。已形成碩士、博士、博士后流動站等較為完備的高層次人才培養體系。
2016年11月新疆大學馬克思主義理論學科獲批自治區“十三五”高峰學科。2017年新疆大學進入全國“雙一流”大學建設行列，馬克思主義理論學科進入“一流學科”建設行列。2017年12月全國第四輪學科評估結果中，馬克思主義理論位列B檔學科，排名66位，28.57%，進入前30%。
學院有多個科研與教研平臺：“新疆大學習近平新時代中國特色社會主義思想研究中心”、“新疆意識形態安全研究中心”、 “自治區高校基層黨務工作者研修基地”。有全國高校思政理論課教學科研團隊擇優支持計劃1項、自治區優秀教學團隊1個。自治區精品（重點）課程3門，國家級精品資源共享課1門。
近三年來，學院承擔了與馬克思主義理論相關的各級各類科研課題50余項，其中1項為教育部重大課題攻關項目，1項為國家社科基金重大項目（研究和闡述19大精神專項課題），課題研究總經費300萬元。出版學術專著、教輔教材8部，在《思想理論教育導刊》《社會主義研究》等學術期刊發表論文200余篇，多篇被《人大復印報刊資料》全文轉載。獲各級各類教學科學研究獎15項。
學院秉承“追求真理、崇尚科學、立德樹人、服務社會”的發展理念，堅持以人才培養為目標，以“立德樹人”為根本，發揮學科建設對思想政治理論課教育教學的支撐作用，教學與科研并舉、學科建設與人才培養并重，努力把學院建設成為與“雙一流”大學相適應的高水平馬克思主義學院，建成在全國有重大影響力的思想政治理論教育教學基地、馬克思主義理論研究基地、馬克思主義理論高層次人才培養基地。